La Casa Rustica è stata realizzata su progetto dell'architetto Pio Soli nel 1886-87 come sede di attività scientifiche e della direzione e allo scopo di riunire collezioni museali. L'edificio ospita al piano terreno un piccolo museo con le collezioni di legni, di semi, di frutti del Giardino e di antichi attrezzi. Al primo piano dell'edificio sono collocati l'Erbario ed i laboratori annessi.
All'inizio della Seconda Guerra Mondiale, nel 1940, la Casa Rustica ha ospitato un comando militare.