Il Museo, fondato nel 1966 del naturalista Pietro Parenzan e poi dal 1999 diventato sezione della facoltà di Biologia dell'Università del Salento, custodisce una collezione composta da circa 900 reperti di rilevante interesse, che comprende esemplari di conchiglie, un'algario e varie mostre temporanee dedicate a temi ambientali.