| | Bagni di Cefalà Diana e Chiarastella | 137 ha |
| | Biviere di Gela | 332 ha |
| | Bosco della Ficuzza, Rocca Busambra, Bosco del Cappelliere e Gorgo del Drago | 7.398 ha |
| | Bosco di Alcamo | 199 ha |
| | Bosco di Favara e Bosco Granza | 2.978 ha |
| | Bosco di Malabotta | 3.222 ha |
| | Bosco di Santo Pietro | 6.559 ha |
| | Capo Gallo | 586 ha |
| | Cavagrande del Cassibile | 1.060 ha |
| | Complesso Immacolatelle e Micio-Conti | 70 ha |
| | Complesso speleologico Villasmundo-S. Alfio | 72 ha |
| | Fiume Ciane e Saline di Siracusa | 317 ha |
| | Fiume Fiumefreddo | 10 ha |
| | Fiumedinisi e Monte Scuderi | 3.543 ha |
| | Foce del fiume Belice e dune limitrofe | 241 ha |
| | Foce del fiume Platani | 207 ha |
| | Grotta Conza | 4 ha |
| | Grotta dei Puntali | 15 ha |
| | Grotta della Molara | 40 ha |
| | Grotta di Carburangeli | 5 ha |
| | Grotta di Entella | 11 ha |
| | Grotta di S.Angelo Muxaro | 20 ha |
| | Grotta di Santa Ninfa | 139 ha |
| | Grotta Monello | 59 ha |
| | Grotta Palombara | 11 ha |
| | Isola Bella | 10 ha |
| | Isola delle Femmine | 16 ha |
| | Isola di Alicudi | 371 ha |
| | Isola di Filicudi e scogli Canna e Montenassari | 636 ha |
| | Isola di Lampedusa - Isola dei Conigli | 370 ha |
| | Isola di Linosa e Lampione | 267 ha |
| | Isola di Panarea e Scogli Viciniori | 283 ha |
| | Isola di Pantelleria | 2.627 ha |
| | Isola di Stromboli e Strombolicchio | 1.053 ha |
| | Isola di Ustica | 204 ha |
| | Isola di Vulcano | 1.362 ha |
| | Isola Lachea e Faraglioni dei Ciclopi | 3 ha |
| | Isole dello Stagnone di Marsala | 2.012 ha |
| | La Timpa | 225 ha |
| | Laghetti di Marinello | 401 ha |
| | Lago di Pergusa | 403 ha |
| | Lago Sfondato | 13 ha |
| | Lago Soprano | 60 ha |
| | Laguna di Capo Peloro | 68 ha |
| | Le Montagne delle Felci e dei Porri | 1.079 ha |
| | Macalube di Aragona | 256 ha |
| | Macchia Foresta Fiume Irminio | 135 ha |
| | Monte Altesina | 744 ha |
| | Monte Cammarata | 2.049 ha |
| | Monte Capodarso e Valle dell'Imera Meridionale | 1.485 ha |
| | Monte Carcaci | 1.438 ha |
| | Monte Cofano | 538 ha |
| | Monte Conca | 245 ha |
| | Monte Genuardo e S.M. del Bosco | 2.553 ha |
| | Monte Pellegrino | 1.017 ha |
| | Monte S. Calogero | 2.819 ha |
| | Monte S. Calogero (Kronio) | 52 ha |
| | Monti di Palazzo Adriano e Valle del Sosio | 5.862 ha |
| | Oasi del Simeto | 1.859 ha |
| | Oasi faunistica di Vendicari | 1.512 ha |
| | Oasi WWF Capo Rama | 57 ha |
| | Oasi WWF Lago Preola e Gorghi Tondi | 335 ha |
| | Oasi WWF Saline di Trapani e Paceco | 986 ha |
| | Oasi WWF Torre Salsa | 762 ha |
| | Pantalica,Valle dell'Anapo, Torrente Cava Grande | 3.712 ha |
| | Pino d'Aleppo | 3.632 ha |
| | Pizzo Cane, Pizzo Trigna e Grotta Mazzamuto | 4.644 ha |
| | Riserva Geologica di Contrada Scaleri | 3 ha |
| | Rossomanno - Grottascura - Bellia | 2.011 ha |
| | Saline di Priolo | 55 ha |
| | Sambughetti - Campanito | 2.358 ha |
| | Serre della Pizzuta | 414 ha |
| | Serre di Ciminna | 311 ha |
| | Sughereta di Niscemi | 2.939 ha |
| | Vallone Calagna sopra Tortorici | 37 ha |
| | Vallone di Piano della Corte | 194 ha |
| | Zingaro | 1.600 ha |