| | Alta Valle del Torrente Carfalo | 223 ha |
| | Alto Carigiola - Monte delle Scalette | 990 ha |
| | Arboreto monumentale di Moncioni: il Pinetum | 3 ha |
| | Artimino | 691 ha |
| | Badia a Passignano | 364 ha |
| | Baratti-Populonia | 1.265 ha |
| | Boschi di Germagnana e Montalto | 210 ha |
| | Bosco della Magia | 94 ha |
| | Bosco di Sargiano | 10 ha |
| | Capra Matilda (Oasi Affiliata WWF) | 63 ha |
| | Cascine di Tavola | 301 ha |
| | Costiere di Scarlino | 752 ha |
| | Dune di Forte dei Marmi | 9 ha |
| | Dynamo (Oasi Affiliata WWF) | 900 ha |
| | Fiume Cecina (LI) | 199 ha |
| | Fiume Cecina (PI) | 99 ha |
| | Fiume Magra 2 | 311 ha |
| | Fiume Magra in Lunigiana | 373 ha |
| | Foresta di Montenero | 679 ha |
| | Foresta di Sant'Antonio | 929 ha |
| | Foresta Valle Benedetta | 211 ha |
| | Gabbianello (Oasi Affiliata WWF) | 25 ha |
| | Garzaia | 10 ha |
| | Giardino Belora, Fiume Cecina | 772 ha |
| | Golena del Tevere | 175 ha |
| | Il Bottaccio | 47 ha |
| | La Querciola | 118 ha |
| | Lago di Chiusi | 805 ha |
| | Lago di Porta | 82 ha |
| | Lago e Rupi di Porta | 77 ha |
| | Le Balze | 3.089 ha |
| | Le Balze | 1.027 ha |
| | Macchia della Magona | 1.636 ha |
| | Monte Castellare | 322 ha |
| | Montececeri | 44 ha |
| | Monteferrato | 4.486 ha |
| | Monti della Calvana - FI | 1.337 ha |
| | Monti della Calvana - PO | 2.678 ha |
| | Montioni | 151 ha |
| | Nuclei di Taxus baccata di Pratieghi | 62 ha |
| | Oasi Bosco di Sovicille | n.d. |
| | Oasi Campocatino | 80 ha |
| | Oasi Massaciuccoli | 47 ha |
| | Oasi WWF Bosco Rocconi | 135 ha |
| | Oasi WWF Laguna di Orbetello di Ponente | 800 ha |
| | Padule di Bolgheri (Oasi Affiliata WWF) | 513 ha |
| | Parco del Chioma | 437 ha |
| | Parco fluviale dell'Alta Val d'Elsa | 202 ha |
| | Parco Interprovinciale di Montioni | 6.399 ha |
| | Parrana San Martino | 125 ha |
| | Pietramarina | 223 ha |
| | Podere La Querciola | 56 ha |
| | Poggio Ripaghera, S. Brigida, Valle dell'Inferno | 817 ha |
| | San Felice (Oasi Affiliata WWF) | 48 ha |
| | San Silvestro | 699 ha |
| | Sasso di Castro Montebeni | 799 ha |
| | Serpentine di Pieve S. Stefano | 126 ha |
| | Serra Bassa | 566 ha |
| | Sorgenti di Colognole | 246 ha |
| | Stagni di Focognano | 112 ha |
| | Stazione relitta di Pino laricio | 124 ha |
| | Sterpaia | 248 ha |
| | Torrente Chioma | 144 ha |
| | Torrente Mensola | 298 ha |
| | Torrente Terzolle | 1.970 ha |
| | Val d'Orcia | 60.903 ha |
| | Valle del Lato | 581 ha |
| | Valle delle Fonti | 593 ha |
| | Vulci | 174 ha |