Di Insel Zannone, in der Antike "Sinonia" genannt, beherbergte früher eine Benediktinergemeinschaft, die die Insel allerdings im Jahre 813 infolge der Überfälle durch sarazenische Piraten verlassen hatte.
1213 sind einige Mönche desselben Ordens, die aus Sant'Angelo di Gaeta kamen, auf die Insel zurückgekehrt und begannen nach den Regeln von Gioacchino zu leben; im Jahre 1237 jedoch baten sie das Generalkapitel, in den Zisterzienser-Orden eintreten zu können. 1246, auf Antrag von Papst Innocenzo IV, wurde das Kloster zur Zisterzienser-Abtei, Tochterkloster von Fossanova, unter dem Namen Santo Spirito di Zannone oder "Semprone", wie fälschlicherweise zuerst von Janauschek und dann von anderen Autoren berichtet wurde. Im Jahre 1291 bat die Gemeinschaft, auf das Festland umziehen zu können, um vor den Piraten zu flüchten, und die Abte von Fossanova, Casamari und des Inselklosters entschieden, dass die Mönche sich an einem Ort in der Nähe von Gaeta niederlassen konnten, was um 1295 geschehen sein muss; die neue von den Mönchen erbaute Kirche trägt nämlich dieses Datum.
Bezüglich der Architektur verbleiben heute nur einige archäologische Überreste der Inselabtei von Zannone.
Bedeutend auf der Insel sind auch die archäologischen Überreste einer römischen Villa und eines Fischteichs (in den Fels gegraben) beim Hafen von Punta del Varo.
Im von der Region Latium verabschiedeten und zur Genehmigung vorliegenden Plan des Parks sind Ad-hoc-Maßnahmen für die Insel vorgesehen, und zwar für das Kloster, den Fischteich und die römische Villa einschileßlich des Faro-Komplexes durch "Ein genaues Maßnahmeprogramm, dass die Wiederherstellung und die Aufwertung der Immobilien von großem Interesse und Wert betrifft (…)"